필트오버 상층에서 자란 고아 소녀 바이와 파우더는 어린 시절 전쟁으로 부모를 잃고, 자운의 범죄자 반더에게 거두어집니다. 바이와 파우더는 반더의 지도 하에 성장하지만, 필트오버 상층의 기술을 훔치려다 큰 사고를 일으키게 됩니다. 이 과정에서 제이스라는 유망한 과학자의 연구실이 폭발하게 되고, 이는 필트오버 상층과 하층 간의 갈등을 더욱 심화시킵니다. 이 폭발은 필트오버 과학 아카데미와 경찰에게도 큰 관심을 끌며, 제이스의 연구가 마법과 연관이 있다는 것이 드러납니다.
제이스는 마법을 과학적으로 활용하는 연구를 진행 중이었지만, 필트오버 아카데미에서 그의 연구를 금지하려 합니다. 그러나 그는 희머딩거 교수와 빅토르의 도움을 받으며 연구를 계속하게 됩니다. 한편, 바이와 파우더는 자운에서 더 큰 범죄에 휘말리고, 실코라는 인물이 등장하며 자운의 지배자 반더에게 도전장을 내밉니다. 바이와 파우더는 반더와 함께하려 하지만 실코와 그의 수하들이 자운에 불법 약물을 퍼뜨리기 시작하며 자운의 혼란은 더 커져만 갑니다.
바이와 파우더는 실코의 무장 세력과 맞닥뜨리게 되며, 반더를 구하기 위해 목숨을 걸고 싸웁니다. 하지만 반더는 실코의 손에 의해 죽고, 파우더는 자신이 제작한 폭탄으로 예상치 못한 파괴를 일으켜 바이에게 큰 상처를 입힙니다. 바이와 파우더의 자매 관계는 이 사건으로 인해 산산조각이 나며, 파우더는 실코에게 이끌려 '징크스'라는 새로운 정체성을 가지게 됩니다. 이는 두 자매의 갈등의 시작을 알리는 중요한 사건입니다.
필트오버는 '프로그레스 데이'라는 축제일을 맞아 과학적 진보를 기념합니다. 제이스는 빅토르와 함께 에너지 결정의 개발을 통해 필트오버에서 주목받는 과학자가 됩니다. 그러나 자운에서는 실코가 점점 더 강력해지며 필트오버에 대한 복수를 꿈꾸고, 징크스는 실코의 계획에 적극적으로 참여하며 자운을 위협합니다. 한편, 필트오버 경찰관 케이틀린은 이 혼란의 중심에 바이와 징크스가 있다는 것을 알게 되고, 바이에게 접근하여 협력을 제안합니다.
바이와 케이틀린은 함께 팀을 이루어 자운의 범죄와 실코의 세력을 막으려 합니다. 그러나 징크스는 점점 더 위험한 행동을 이어가며, 과거의 동료였던 바이와 대립하게 됩니다. 바이와 케이틀린은 자운과 필트오버의 갈등을 해결하기 위해 필사적으로 움직이지만, 자운의 범죄 세력은 이를 쉽게 허락하지 않습니다. 징크스와 실코의 파괴적인 계획은 필트오버에 큰 위협을 가하게 됩니다.
실코와 징크스의 세력이 더욱 커져가며 필트오버에 큰 위기를 초래합니다. 징크스는 자신의 혼란스러운 감정과 분노를 폭발시키며 필트오버를 위협하고, 바이와 케이틀린은 이를 막기 위해 목숨을 걸고 싸웁니다. 제이스는 필트오버의 안전을 위해 강경한 조치를 취하려 하지만, 그로 인해 자운과의 갈등이 더 깊어질 위기에 놓입니다. 바이와 케이틀린의 관계도 점점 더 깊어지고, 필트오버와 자운 간의 갈등은 점점 해결이 어려워집니다.
자운의 저항군을 이끄는 에코가 등장하며 바이와 케이틀린과 협력합니다. 에코와 징크스는 과거에 친구였지만, 현재는 서로를 적대시하게 된 상태입니다. 바이와 케이틀린은 자운과 필트오버 간의 갈등을 종식시키려 하지만, 징크스의 파괴적 행동으로 인해 그들은 큰 위기에 처하게 됩니다. 에코와 징크스의 대립은 감정적으로 격렬해지며, 그들의 과거와 현재가 충돌하게 됩니다.
바이와 징크스는 다시 마주치며 서로의 감정이 폭발합니다. 바이와 케이틀린은 필트오버와 자운의 갈등을 해결하려 하지만, 징크스의 혼란스러운 감정과 실코와의 관계가 모든 것을 어렵게 만듭니다. 징크스는 점점 더 자신을 파괴적인 존재로 인식하며, 실코와의 관계에서 정체성의 혼란을 느끼게 됩니다. 필트오버의 지도자들은 자운과의 화해를 위해 고심하지만, 서로 다른 이상이 충돌하며 상황은 더욱 복잡해집니다.
시즌의 마지막 에피소드로, 필트오버와 자운의 갈등이 극에 달합니다. 징크스는 최후의 결정을 내리며 엄청난 폭발을 일으키고, 이는 필트오버와 자운의 운명을 송두리째 뒤흔듭니다. 바이와 제이스는 평화를 이루기 위해 노력하지만, 징크스의 예측 불가능한 행동은 모든 계획을 무너뜨립니다. 실코는 징크스를 통해 자신이 원했던 혁명을 이루고자 했으나, 결국 징크스의 감정적 폭발이 모든 것을 파괴하게 되며 시즌은 강렬한 여운을 남기고 끝이 납니다.